Coyotepec deriva del idioma náhuatl, lengua que hablan no solamente los habitantes de la comunidad sino muchos otros pueblos de diversas regiones de nuestro país, y quiere decir "En la montaña de coyote" ó "Lugar de los coyotes", etimológicamente formada de las raíces siguientes; coyotl, coyote; tepetl, cerro, montaña y c, locativo de co que significa, en o lugar, que al contraerse o aglutinarse nos da Coyotepec.
Coyotepec actualmente no tiene publicado un Plan Municipal de Desarrollo Urbano en la pagina oficial del Estado de México (Verificado en Agosto 2012)
Coyotepec se encuentra en la ribera poniente.
La Planada o Ladrillera, parte de los barrios Cimapan y Caltenco, localizada al oriente del municipio, formó parte del gran lago (hoy valle de México).
La referencia escrita y más antigua sobre Coyotepec data del año "Chicome acatl" (Siete carrizo que corresponde al año de 1395 d.C.) inscrita en el Códice Chimalpopoca o Anales de Cuautitlán, que se refiere, " Cuando empezó su templo Xaltemoctzin”, por que en cada esquina del cuadro de su templo se puso las cuatro partes de la ciudad de Cuautitlán; a Tequexquinahuac lo puso en una esquina y por compañeros a Cuauhtlapan y Citlaltepec. A Nepantla en otra esquina, haciendo compañeros a Tepotzotlán y Huehuetoca.
A Atempan lo puso en otra esquina y por compañeros a Coyotepec y Otlazpan. El templo de Xaltemoctzin el viejo se encumbró y concluyó en cinco años.
Coyotepec tiene su origen desde los tiempos más remotos en que fueron poblados por los otomíes, sucediéndoles los chichimecas que provenían del norte y que habían salido de su natal Chicomoztoc, en el año " Ce-ácatl" (uno carrizo) Coyotepec, formó parte de los asentamientos que en forma sucesiva arribaron al altiplano central.
Es posible deducir que derivado de los vestigios encontrados en la región, los primeros pobladores asentados en Coyotepec, hayan sido producto de la ascendencia tolteca, teotihuacana, chichimeca, otomí y mexica, por lo que no fue un grupo uniforme que tuviera cultura propia, definida.
Existe un documento de la Comisión Nacional Agraria, fechado el 13 de diciembre de 1586, en el cual menciona el libramiento de la dotación de tierras para el poblado de Coyotepec.
Consumada la toma de Tenochtitlán, Hernán Cortés, publicada en 1524 la ordenanza que habla del repartimiento de tierras e "indios" y apoyado en esta nueva disposición otorga a don Alonso de Avila, en encomienda a Cuautitlán, Zumpango, Xaltocan, Huehuetoca, Coyotepec y Tultepec, extendiendo su dominio hasta lo que hoy es Coyotepec; a mediados del siglo XVI, por disposiciones reales, el poblado quedo integrado a Teoloyucan como uno de sus barrios.
Los naturales de Coyotepec y Teoloyucan, siempre tuvieron dificultades desde antes de la Conquista, debido a la mutua invasión de terrenos, así como de los beneficios de la pesca y la recolección de tule, que el lago de Zumpango proporcionaba, ocasionado riñas de sangre, en la que muchas veces intervino la Real Audiencia, de la jurisdicción de Cuautitlán, de esta manera tres centurias de sojuzgamiento.
A mediados del siglo XIX, un grupo liderado por Mariano Pantaleón Pineda, realizó la gestión de segregación municipal, ante el gobierno departamental, uniéndose Domingo Castro y Atilano Ortega, esfuerzo que se vió coronado con la erección del municipio, el 29 de diciembre de 1853 que el congreso aprobó, mediante el decreto número 271 de la legislatura local, transcrita por el prefecto de distrito José Marin.
En enero de 1923 los naturales de Coyotepec obtuvieron dotación y posesión de su ejido, siendo uno de los primeros pueblos del Estado de México que consiguieron la aplicación de la Reforma Agraria.
En las últimas décadas la pavimentación de los caminos que comunican a Coyotepec con Teoloyucan, Huehuetoca y Las Animas, son factores que han sido determinantes para convertir a éste municipio de comunidad rural a suburbana.